Целью рафинирования является удаление нежелательных составляющих в льняной масле с наименьшим возможным повреждением глицеридов и минимальной потерей желательных компонентов. Способы рафинирования зависят от природы и количества примесей, содержащихся в нерафинированном масле.
Классическая химическая очистка проводится путем последовательных этапов: обесклеивание, обезвреживание, обесцвечивание, дезодорирование и иногда кристаллизация (В основном удаление свободных жирных кислот и других незначительных компонентов).